10.8.2024 Jalostuksen uusi aikakausi on alkanut

Ensin vähän teoriaa...

Ensimmäiseksi pitää todeta termeistä. Joidenkin mielestä tässä yhteydessä ei pitäisi puhua geenitesteistä, koska aiheena olevat testit poimivat markkereita. Englannin kielessä on hyvä termi, genotype, joka kuvaa ehkä näiden testien kartoituksen kohdetta parhaiten. Mutta genotyyppi on suomalaisessa arkikielessä vielä melko vieras termi. Käytännössä jäljempänä mainituilla testeillä siis tutkitaan koiran koko perimästä poimittua pientä otosta, joka koostuu markkereista. Tämän tiedon avulla pyritään sitten tunnistamaan esimerkiksi mahdollisia perinnöllisiä sairauksia aiheuttavia mutaattioita. Näiden tulosten avulla voidaan kuitenkin myös pyrkiä määrittämään sitä, mitkä koirat ovat perimältään hyvin samanlaisia ja mitkä taas erilaisia. Tekstin yksinkertaistamiseksi käytän nyt kuitenkin geenitesti-termiä, koska kyllähän nuo markkeritkin ovat osia geeneistä...

Kooikerhondjeilla on kaksi mahdollisuutta tutkia tätä suunnitellun astutusparin geneettistä yhteensopivuutta. Embark näyttää Shared DNA -arvon ilmeisesti, jos molempien koirien testi on tilattu Utrechtin yliopiston kautta. Näiden koirien genetiikkaa voidaan verrata keskenään. Utrechtin yliopisto lisää nämä Embark-tulokset myös kehittämäänsä Fit2breed-järjestelmään, jossa on Genotype Matchmaking -toiminnallisuus. Tällä toiminnallisuudella kasvattaja saa listauksen geenitestatuista uroksista niiden geneettisen paremmuuden mukaan järjestettynä. Fit2breedin etu on, että sinne on tuotu myös iso joukko Wisdom paneelilla testattuja koiria eli listalla on uroksia paljon enemmän kuin mitä pelkät Embark-testatut koirat :-) Minun näkökulmastani työkalun haasteena on ollut, ettei se ole näyttänyt uroslistaa Chepille, koska Chepi on täyttänyt jo 6 vuotta eikä sillä ole vielä pentuetta. Myöskään risteytyskoirille ei listaa ole vielä ollut saatavilla. Molemmat nämä rajoitteet ovat ilmeisesti poistumassa lähiaikoina.👍Mutta toistaiseksi minun on siis pitänyt Nupun ja Chepin kanssa tyytyä vertailemaan vain suoraan Embarkin kautta saatavaa Shared DNA -arvoa.

Kooikerhondje on vahvasti sisäsiittoinen rotu

Sitten varsinaiseen asiaan... Kooikerhondje-populaatio on maailmanlaajuisesti hyvin pieni ja lähtöisin hyvin rajatusta joukosta koiria. Geenitestit ovatkin varmentaneet meille sen, mitä viisaimmat ovat osanneet pelätä jo tovin: geneettisesti maailman kaikki kooikkerhondjet ovat lähes kuin sisaruksia keskenään. Ainakin itse olen järkyttynyt näkemistäni luvuista. Embark kertoo kahden kooikerhondjen samanlaisten DNA:n (Shared DNA) prosenttuaalisen osuuden. Jalostuksen näkökulmasta on sitä parempi, mitä pienempi tuo samanlaisen DNA:n määrä on, koska silloin pennuilla on pienempi riski saada molemmilta vanhemmiltaan sama haitallinen mutaatio. Eli kun vanhemmilla on vähemmän samanlaista DNA:ta, pennuille voidaan olettaa tulevan parempi geneettinen monimuotoisuus. 

Tottakai sitten tutkin, mille tilanne näyttää testattujen narttujeni osalta. Minulla on tällä hetkellä vertailussani mukana 31 eri uroksen antama Shared DNA -arvo kullekin kolmesta testatusta nartustani. Effille paras (pienin) löytämäni Shared DNA -arvo on 43 %. Täyssisaruksilla tuo lukema on Embarkin mukaan keskimäärin 50 %, samoin koiralla ja hänen vanhemmallaan lukema on 50%. Eli Effi ja tämä uros (joka on erilaisin löytämäni) ovat lähes yhtä samanlaisia kuin täyssisarukset keskimäärin olisivat. Vertailun vuoksi voidaan tarkastella myös Effin ja villakoira-kooikerhondje-risteytyksen Shared DNA -arvoa. Se on 26-27 % (tulokset käytettävissä kahdelta urokselta). Effillä ja tuolla parhaalla uroksella ensimmäinen yhteinen isovanhempi on Effin sukupuussa kolme sukupolvea Effistä ylöspäin (Effin isoisän isä) ja uroksen puolella tuo sama koira löytyy 5 sukupolvea uroksen yläpuolelta. Ja siitä huolimatta nämä koirat ovat geneettisesti kuin sisaruksia! Alla olevassa kuvassa tästä yhdistelmästä Fit2breed-ohjelman tarjoama sukupuu, jossa samanlaisilla kuvioilla on merkitty samat koirat sukupuussa. Chepin suhteen tilanne on hiukan parempi: pienin Shared DNA -arvo on 37 %.

Otetaanpa toiseksi esimerkiksi Effin listalta se kaikkein samanlaisin uros. Effilla ja tällä uroksella on yhteistä DNA:ta Embarkin arvion mukaan 58 % eli enemmän kuin isällä ja tyttärellä (50 %). Näiden yhdistäminen olisi geneettisestä näkökulmasta paljon huonompi asia kuin muinaisina aikoina käytetty linjasiitos, jossa on saatettu oikeasti astuttaa narttu omalla isällään. Sukupuussa tämä yhdistelmä näyttää itseasiassa paljon paremmalle kuin tuo edellä ollut geneettisesti paras vaihtoehto. Eli tietämättä tuota jaetun DNA:n määrää saattaisin tehdä ihan tyytyväisenä yhdistelmän, joka vastaisi (tai tarkkaan ottaen olisi pahempi) jo laissakin nykyään kiellettyä vanhemman ja jälkeläisen yhdistämistä!

Uusi aikakausi alkoi uusien mahdollisuuksien myötä

Ymmärrettyäni tämän edellä kertomani en tänä päivänä kertakaikkiaan pysty enää tekemään yhdistelmää, jonka geneettistä yhteensopivuutta en ole tarkistanut. Kun tämä tietoisuus rotumme karusta geneettisestä tilanteesta leviää laajemmin, oletettavasti moni muukin kasvattaja siirtyy hyödyntämään näitä uusia tarjolla olevia työkaluja. Jos siis sinulla on kooikerhondje uros ja toivot sitä käytettävän jalostukseen, kannattaa jo kipin kapin hommata Embark-testi. Kooikerhondjelle testin tilaamisen ohjeet löytyvät rotujärjestömme kotisivuilta. Ja miksi suositan Embarkia? -Suosittelen sitä, koska se on Hollannin kooikerhondjeyhdistyksen 'virallinen suositus'. Tulokset myös ovat nykyään tulleet sieltä nopeammin ja helpommin Fit2breediin näkyville ja se antaa myös omistajalle enemmän mielenkiintoista informaatiota kuin Wisdom Panel vaikka taitaakin olla kalliimpi.